Por sorteo, ingresó directamente en cuartos de final y eliminó a Racing. En semifinales dejó afuera a Gremio de Brasil y en la final, como visitante en Avellaneda, festejó en la cara de Independiente, por penales. Con la banca del Mono Navarro Montoya en el arco, el aguante de Blas Giunta en el mediocampo y el talento de Diego Latorre en el ataque, Boca se hizo dueño del continente. Al año siguiente, el equipo revalidó sus pergaminos en la Recopa contra Atlético Nacional de Medellín, campeón de la Libertadores 1989. Ganó 1-0 (Latorre) en un único encuentro disputado en Miami. En 1992, ya con Oscar Washington Tabárez sentado en el banco de suplentes, Boca alzó la Copa Masters, competición creada por la Confederación Sudamericana de Fútbol para ganadores de la Supercopa: venció 1-0 a Olimpia de Paraguay y 2-1 a Cruzeiro de Brasil. En 1993, Boca se dio el gusto de levantar otro trofeo internacional, la Copa de Oro, certamen en el que participaron los campeones continentales de 1992. Ya se había ido el Maestro Tabárez y asumido JorgeHabegger. El equipo derrotó a San Pablo y Atlético Mineiro de Brasil y celebró en la Bombonera.

Boca se sacó la espina tras 11 años sin festejos domésticos y con aquel empate en la última fecha ante San Martín de Tucumán desató la celebración en la Bombonera. El equipo dirigido por el uruguayo Oscar Tabárez y liderado futbolísticamente por el Beto Márcico cosechó 10 victorias, siete empates y dos derrotas, incluido el triunfo a River en el superclásico por 1-0 con gol de Sergio “Manteca” Martínez. Además, pudieron quitarse la bronca de la final perdida un año antes contra Newell's, cuando luego de obtener el Torneo Clausura 1991 (los rosarinos habían conquistado el Apertura 1990), perdieron y se quedaron sin lauro oficial. El equipo del Maestro se ganaba merecidamente su lugar en la historia.